Штаб-квартира Aperture Science располагалась в Лаборатории исследования природы порталов (англ. Aperture Laboratories), в Кливленде, штат Огайо. Бо́льшая её часть, если не вся, расположена под землёй. На момент событийPortal Лаборатория находится под контролем ГЛэДОС — суперкомпьютера, которая после своего запуска обрeла самосознание и постепенно уничтожила весь учёный персонал Aperture Science.До того момента, Лаборатория занималась исследованиями и разработками в области физики, компьютерных технологий и создания искусственного интеллекта. Основной отраслью Лаборатории, как видно из названия, являлось изучение портальной технологии. В Aperture Science было разработано переносное устройство создания порталов, для испытаний которого выделили специальный Центр развития (англ. Aperture Science Enrichment Center).
Лаборатория исследования природы порталов являлась серьёзным конкурентом исследовательского центра «Чёрная Меза», который также вёл разработки в области мгновенного перемещения. Исследования «Чёрной Мезы» были сконцентрированы на телепортации (в конечном счёте, как можно наблюдать в Half-Life 2, они привели к созданию работоспособного телепортера), в то время как Aperture Science занималась альтернативной технологией, использующейчервоточины (входами/выходами которых, собственно, и являются порталы). Именно принятые Aperture Science в стремлении обогнать «Чёрную Мезу» рискованные решения привели к выходу компьютера ГЛэДОС из-под контроля, а также к исчезновению ледокола «Борей». Тем не менее, в какой-то момент Aperture Science удалось достигнуть значительных успехов и превзойти своего оппонента, о чём свидетельствуют графики, которые можно увидеть при прохождении Portal в конференц-зале
Центр развития (англ. Aperture Science Enrichment Center) — часть Лаборатории исследования природы порталов. Центр был создан Aperture Science для проведения испытаний с переносным устройством создания порталов. Участники испытаний в игровой форме проходили тестовые камеры, преодолевая различные препятствия и головоломки, на основе которых наблюдающие за ними учёные Aperture Science изучали пути практического применения устройства создания порталов и самих порталов.
Тестовые камеры Центра развития выглядят как оформленные белыми панелями залы с различными объектами для проведения испытаний (к таким объектам относятся различные грузовые кубы). Часть залов обрамлена темными блоками, на которых невозможно открывать порталы (что тоже является элементом испытаний). ГЛэДОС использует для наблюдения стационарные видеокамеры. Перемещения между залами испытаний осуществляются с помощью лифтов или подсобных помещений.
Комплекс расположен под землей, он невероятно огромен и уходит вглубь на несколько километров. Исходя из сюжета Portal 2 лабораторию можно разделить на два уровня:
- Нижний уровень, расположенный в пещере на глубине более четырех километров под поверхностью земли, представляет собой громадное пространство, заброшенные тестовые камеры расположенны в огромных подвешенныхасбестовых сферах. Изначально испытания разработок Aperture Science проводились именно в этой части комплекса. Несмотря на то что эта часть комплекса уже много лет заброшена, из громкоговорителей во время действия Portal 2 всё еще можно услышать заранее записанные сообщения от Кейва Джонсона — бывшего руководителя Aperture Science Innovators
- Верхний уровень, практически полностью автоматизирован, вероятно он более новый, также представляет собой огромное подземное пространство с проложенными по нему стационарными направляющими балками, по этим балкам могут перемещаться тестовые камеры. Таким образом комбинация тестовых камер не является постоянной и может меняться при необходимости. Тестовые камеры в свою очередь состоят из нестационарных панелей способных менять конфигурацию камеры. Панели изготавливаются на конвейерах в самом центре, что позволяет GlaDOS при необходимости собирать новые тестовые камеры.

Камера отдыха для испытуемых в Центре развития.
Центр был практически полностью автономен (особенно с появлением ГЛэДОС) и не требовал повышенного вмешательства учёных в ход испытаний. Сумев сбежать за пределы тестовых камер, игрок обнаруживает множество обслуживающих их различных механизмов. Известно, что Aperture Science вкладывала в Центр развития бо́льшую часть своих средств: на промо-сайте Portal можно прочитать сообщение, оставленное одним из работников Лаборатории, который выказывал своё подозрение в том, что «пока мы работаем на оборудовании двадцатилетней давности, у них откуда-то нашлись средства на то, чтобы выстроить Центр развития».
Изначально, на заре становления Aperture Science Innovators, в качестве подопытных использовались сторонние люди, затем прохождение испытаний стало обязательным и для работников.
На верхнем уровне лаборатории расположена огромная «зона консервации». В ней, в состоянии анабиоза, находится около 10 тысяч человек, испытания для которых должны начаться позже. Каждый испытуемый расположен в собственной камере, внешне напоминающей небольшую комнату с предметами интерьера и мебелью: кроватью, шкафом, телевизором и т.д. Во время событий Portal 2, вероятно, большинство законсервированных уже мертвы.
Перед началом испытания подопытный выводится из состояния анабиоза и переводится во временную камеру отдыха. Подопытная - девушка Челл, персонаж игрока в Portal, одета в оранжевую униформу с надписью «Aperture». Она приходит в себя в камере отдыха для испытуемых, где имеется герметичная капсула для сна и туалет. Камера отдыха изолирована, из неё нет выхода, кроме как через создаваемый портал. Работник, который был озадачен постройкой Центра развития, в своём сообщении так же делает замечание о подобной камере (названной как «01 Подвал отдыха»): «Посмотри-ка на запись камеры. Чем бы этот „подвал отдыха" не являлся, дверей у него нет». Вполне возможно, что высокие чины персонала Aperture Science держали испытуемых в Центре развития против их воли, хотя, в то же время, это сообщение могло быть оставлено уже тогда, когда ГЛэДОС вышла из-под контроля и заперла всех сотрудников в Лаборатории.